Theo Thông tư, Ngân sách Nhà nước đầu tư cho các hoạt động sau:

1- Nhập nội, mua bản quyền giống mới: Đầu tư cho đơn vị nhập nội, mua bản quyền dòng/giống mới đối với cây nông, lâm nghiệp, vật nuôi, thủy sản ngắn ngày (hoặc hằng năm) mà trong nước chưa có hoặc còn thiếu.

2. Bình tuyển cây đầu dòng, cây trội: Đầu tư cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân bình tuyển, công nhận cây đầu dòng, cây trội. Cây đầu dòng, cây trội sau khi được cấp có thẩm quyền công nhận phải được bàn giao cho các chủ sở hữu quản lý, khai thác phục vụ nhân giống.

3. Chăm sóc vườn cây đầu dòng, rừng giống, vườn giống: Đầu tư cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân chăm sóc rừng giống trồng, vườn giống, vườn cây đầu dòng hoặc tương đương (tùy từng loại cây trồng có cách gọi khác nhau); đối với cây nông nghiệp hằng năm, gồm cả chi phí trồng mới.

4. Nhập nội, hoàn thiện quy trình công nghệ sản xuất giống: Đầu tư cho đơn vị nhập nội công nghệ sản xuất giống cây nông, lâm nghiệp, giống vật nuôi và giống thủy sản theo giá trị chuyển nhượng bản quyền; đầu tư cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân hoàn thiện quy trình công nghệ sản xuất giống cây nông, lâm nghiệp và giống thủy sản.

5. Đào tạo, tập huấn quy trình công nghệ sản xuất giống: Đầu tư bồi dưỡng, tập huấn ngắn hạn trong nước và nước ngoài cho công chức, viên chức làm công tác quản lý, nghiên cứu, sản xuất giống; người lao động trực tiếp tham gia thực hiện các nội dung của dự án giống.

6. Quản lý chất lượng giống: Đầu tư cho các đơn vị xây dựng cơ sở dữ liệu về giống; ứng dụng công nghệ thông tin quản lý giống; kiểm nghiệm, kiểm định chất lượng giống; thanh tra, kiểm tra thực thi pháp luật về giống; đào tạo, tập huấn ngắn hạn về quản lý giống; tuyên truyền sử dụng giống mới, giống đúng tiêu chuẩn chất lượng.

Về hỗ trợ đầu tư sản xuất giống các cấp, ngân sách Nhà nước hỗ trợ đầu tư cho các đơn vị, tổ chức, cá nhân sản xuất giống các cấp theo từng ngành cụ thể:

Trồng trọt: Hỗ trợ chi phí sản xuất giống tác giả, giống siêu nguyên chủng, giống đầu dòng hoặc tương đương (tùy từng loại cây trồng có cách gọi khác nhau), giống sạch bệnh, dòng/giống bố mẹ để sản xuất hạt lai F1, sản xuất hạt lai F1.

Lâm nghiệp: Hỗ trợ chi phí nhân giống cây lâm nghiệp bằng phương pháp nuôi cấy mô; chi phí nhân công thu hái hạt giống từ cây trội, rừng giống trồng, vườn giống để sản xuất cây giống.

Chăn nuôi: Hỗ trợ chi phí công kỹ thuật; chi phí thức ăn tinh nuôi đàn giống cấp bố mẹ, đàn nhân giống; chi phí mua tinh, vật tư phối giống và thụ tinh nhân tạo cho gia súc.

Thủy sản: Hỗ trợ chi phí sản xuất giống bố mẹ; sản xuất giống thủy sản sạch bệnh.

Ngoài ra, ngân sách Nhà nước cũng hỗ trợ đầu tư để thực hiện một số nội dung khác như: Hỗ trợ chi phí công kỹ thuật, chi phí thức ăn tinh cho vật nuôi để hoàn thiện quy trình công nghệ nhân giống; hỗ trợ thuê chuyên gia nước ngoài trong trường hợp công nghệ phức tạp đòi hỏi trình độ cao mà chuyên gia trong nước chưa thể thực hiện được; hỗ trợ chi phí quản lý dự án cho chủ đầu tư; hỗ trợ chi phí hoạt động kiểm tra, giám sát thực hiện Chương trình.

Thông tư nêu rõ, các đơn vị, tổ chức, cá nhân được ngân sách Nhà nước đầu tư, hỗ trợ đầu tư thông qua dự án hoặc dự toán do cơ quan quyết định đầu tư hoặc cơ quan được phân công, phân cấp phê duyệt..,